La Pontificia Università della Santa Croce nasce dal desiderio di San Josemaría Escrivá, Fondatore dell’Opus Dei, di promuovere a Roma un centro superiore di studi ecclesiastici al servizio di tutta la Chiesa. Con la sua orazione e il suo paziente lavoro gettò le fondamenta dell’attuale Università della Santa Croce.
Tale desiderio fu portato a termine dal suo successore il Beato Álvaro del Portillo, il quale chiese alla Santa Sede la creazione dell’auspicato Centro in Roma. San Giovanni Paolo II promosse l’iniziativa e ne accolse la richiesta: il 9 gennaio 1985 fu istituito dalla Congregazione per l’Educazione Cattolica il Centro Accademico Romano della Santa Croce. Il 9 gennaio 1990, la Congregazione eresse canonicamente, approvandone gli Statuti, l’Ateneo Romano della Santa Croce. Infine, il Santo Padre concesse il titolo di « Università Pontificia » il 15 luglio 1998.
La Pontificia Università della Santa Croce è attualmente costituita dalle Facoltà di Teologia, Diritto Canonico, Filosofia e Comunicazione Sociale Istituzionale; ne è parte essenziale anche l’Istituto Superiore di Scienze Religiose all’Apollinare. La sede accademica si trova nel Palazzo S. Apollinare a Roma, mentre il Centro di Ricerca e la Biblioteca sono allocati in Via dei Farnesi.